自主的修正申告で追徴税額を減らす｜追徴300万円なら90万円の差。税務調査前に動くべき理由を税理士が解説

「税務署から調査の連絡が来た。もしかすると、あの処理は間違っていたかもしれない…」。税務調査の事前通知を受けたとき、多くの経営者が不安に感じるのは、追加で納める税金がいくらになるかということではないでしょうか。

実は、追徴される税額は「いつ修正申告をするか」によって大きく変わります。当初の申告に誤りがあった場合、増えた税額に対して「加算税」というペナルティが課されますが、税務調査が始まる前に自主的に修正申告をすることで、この加算税の税率を大幅に軽減できるのです。

この記事では、加算税の仕組みと、修正申告のタイミングによって税率がどう変わるのか、そして追徴税額300万円のケースで90万円もの差が生じる理由を、税理士の視点から解説します。

加算税とは？申告の誤りに課されるペナルティ

当初申告した内容に誤りがあり、修正申告や更正によって納める税額が増えた場合、その増えた税額に対してペナルティとして課されるのが「加算税」です。加算税は本来納めるべき税金（本税）とは別に課され、さらに納付が遅れた期間に応じた「延滞税」も別途かかります。

加算税の種類と基本税率

加算税は、増えた税額に対して修正の内容に応じた一定の税率で課されます。法人税の申告を期限内に行っていた場合に関係するのは、主に次の2つです。

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※過少申告加算税は、増差税額のうち「期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額」を超える部分について、税率が5％加重されます。また、申告そのものをしていなかった場合は無申告加算税（重加算税は40％）の対象となり、本記事の対象外です。

もっとも重いのが、不正行為があった場合の重加算税で、基本税率は35％。不正行為がない一般的な修正申告であれば過少申告加算税として基本税率10％が課されます。

修正申告のタイミングで加算税はこう変わる

ここが本記事の最も重要なポイントです。加算税の税率は、「いつ修正申告書を提出したか」によって、0％・5％・10％と段階的に変わります。

隠蔽又は仮装に該当しない一般的な誤りの場合

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自分で誤りに気付いて調査の連絡が来る前に修正申告をすれば、加算税は課されません。調査の連絡を受けた後でも、調査初日までに自主的に修正申告をすれば税率は5％にとどまります。一方、調査が始まり調査官から指摘を受けてからの修正申告では、原則どおり10％が課されます。

隠蔽又は仮装に該当する場合でも、調査初日までなら35％→5％

さらに注目すべきなのが、重加算税の取り扱いです。売上除外や二重帳簿など、重加算税の対象となる「隠蔽又は仮装」に該当する事実があった場合でも、税務調査の連絡があり、調査初日までに自主的に修正申告書を提出すれば、重加算税（35％）ではなく過少申告加算税の5％の税率で済みます。

これは、国税通則法上、重加算税は「更正があるべきことを予知してされたものでない修正申告」には課されない仕組みになっているためです。調査官が帳簿を確認して指摘する前に自ら申告を正せば、たとえ当初申告に不正があったとしても重加算税の対象にはなりません。

追徴300万円のケースで試算。その差は90万円

実際にどれくらいの差が出るのか、具体的な数字で見てみましょう。修正により追加で納付する法人税が300万円になると見込まれ、その内容が「隠蔽又は仮装」に該当するケースを想定します。

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調査官の指摘を待って修正した場合の加算税は300万円×35％で105万円。これに対し、調査初日までに自主的に修正申告を行えば300万円×5％で15万円となり、90万円もの負担を軽減することができます。本税300万円と延滞税はどちらの場合も必要ですが、ペナルティ部分だけで見ればこれだけの差が生じるのです。

※上記は基本税率による試算です。過少申告加算税には、増差税額のうち期限内申告税額と50万円のいずれか多い金額を超える部分に5％が加重される規定があるため、実際の加算税額は当初申告の税額によって変わります。

「隠蔽又は仮装」とは？重加算税の対象になる行為の例

では、どのような行為が重加算税の対象になるのでしょうか。国税庁の事務運営指針「法人税の重加算税の取扱いについて」では、「隠蔽又は仮装」に該当する事実として、次のような例が挙げられています。

隠蔽・仮装に該当しないとされる例

一方、同じ指針では、相手方との通謀や証ひょう書類の破棄・隠匿・改ざんによるものでなければ、次のようなケースは帳簿書類の隠匿・虚偽記載等には該当しないとされています。

期ずれや科目の誤りといった「うっかりミス」は、原則として過少申告加算税（10％、自主修正なら5％または0％）の範囲にとどまります。ただし、証拠書類を隠したり書き換えたりすれば、同じ内容でも重加算税の対象になり得る点には注意が必要です。

税務調査前に自主的に修正申告すべき3つの理由

①加算税を最小限に抑えられる

ここまで見てきたとおり、調査の連絡前なら0％、調査初日までなら5％と、指摘を受けてからの10％（不正があれば35％）に比べて加算税を大きく減らせます。追徴税額が大きければ大きいほど、その差も大きくなります。

②自主的な修正申告が調査を呼び込むことは基本的にない

「修正申告を出すと、かえって税務調査を誘発するのではないか」と心配される経営者もいます。しかし、税務署にとって自主的な修正申告は日常的に多数提出されるものであり、修正申告をした行為そのものに着目して調査対象に選ぶことは一般的にはないと考えられています。むしろ、自ら誤りを正す納税者として認識され、増差税額もすでに減っていることから、調査の必要性は下がる方向に働きます。税務調査の実務に詳しい専門家の間でも、自主的な修正申告は調査を誘因するどころか、調査の確率を下げると指摘されています。

③調査そのものが早期に終わりやすい

調査初日までに誤りを整理し、修正申告を済ませておけば、調査官に指摘される項目が減り、調査自体が短期間で終わりやすくなります。経営者や経理担当者の負担も軽くなります。

事前通知を受けたら、調査初日までにすべきこと

税務調査の事前通知から調査初日までは、日程調整によって通常2〜4週間程度の期間があります。この期間を有効に使うことが、追徴税額を減らすカギです。

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調査日程を決める際は、見直しと修正申告の時間を確保できるよう、調査初日をあまり近い日に設定しないことも実務上のポイントです。

まとめ

税務調査の連絡が来てから調査初日までの期間は、追徴税額を左右する大切な時間です。「もしかすると間違っているかもしれない」と感じる処理がある場合は、そのまま調査を迎えるのではなく、できるだけ早く税理士に相談し、自主的な修正申告を検討してください。

有馬誠治税理士事務所では、税務調査の事前対応から当日の立ち会い、修正申告書の作成まで一貫してサポートしています。事前通知を受けてお困りの方は、お早めにご相談ください。